Công ty nhỏ có ưu điểm như linh hoạt, dễ vận hành, quản lý,… Do đó, khi ứng dụng phần mềm quản lý công ty nhỏ, nhà quản trị sẽ có được sự hỗ trợ rất lớn. Nhất là khi các phần mềm ngày nay đều linh hoạt, dễ thay đổi để theo kịp công ty. Tuy nhiên, khi triển khai giải pháp, không doanh nghiệp nào có thể hạn chế toàn bộ rủi ro. Đối với doanh nghiệp nhỏ, các khó khăn thường gặp phải gồm:

Nguồn vốn luôn là thách thức lớn đối với các doanh nghiệp vừa và nhỏ mỗi khi đầu tư hoặc mua sắm máy móc, trang thiết bị. Do đó, đối với triển khai phần mềm quản lý công ty nhỏ, nhà quản trị cũng đều phải cân nhắc và tìm hiểu thật kỹ. Đối với các giải pháp truyền thống, doanh nghiệp nhỏ hoàn toàn không phù hợp về mặt chi phí bởi các phần mềm truyền thống đều yêu cầu rất nhiều trang thiết bị, nguồn nhân sự, phần mềm, hệ thống mạng,…..
Ngày nay, thế giới đã phát triển và cho ra mắt giải pháp phần mềm đám mây, có thể loại bỏ rất nhiều chi phí so với trước đây, các chức năng và phân hệ cũng không hề khác so với các phần mềm tại chỗ. Do đó, các giải pháp đám mây thường phù hợp với doanh nghiệp nhỏ hơn.
Xem thêm: Phần mềm ERP sẽ mang lại lợi ích thế nào?

Có một thực tế là dù doanh nghiệp đã có ý định triển khai phần mềm nhưng các nhân viên trong công ty lại chưa sẵn sàng. Doanh nghiệp Việt Nam thường quen với các làm việc qua sổ sách, giấy tờ, excel, word,…. Do đó, khi ứng dụng các giải pháp công nghệ mới sẽ dễ sinh ra tâm lý ngại tiếp cận, ngại học hỏi. 
Bên cạnh đó, trình độ nhân viên trong các doanh nghiệp nhỏ chưa thực sự cao, nhất là về mảng tin học. Chính vì vậy, nếu ứng dụng phần mềm quản lý công ty nhỏ, các nhân viên sẽ càng gặp khó khăn khi sử dụng. Từ đó dễ phát sinh ra vấn đề về phía nhân sự như sử dụng miễn cưỡng, chống đối,… không tăng được hiệu quả triển khai phần mềm.
Chưa xây dựng được một chiến lược bài bản
Công ty nhỏ đều có một sự linh hoạt nhất định. Tuy nhiên trái ngược với điều đó, các kế hoạch và chiến lược của công ty nhỏ lại xây dựng chưa thực sự chặt chẽ, bài bản. Dẫn đến khó có thể giải quyết các vấn đề xuất hiện trong quá trình triển khai. Ngược lại, đối với công ty nhỏ, chiến lược và kế hoạch triển khai càng cần được xây dựng kỹ lưỡng để giảm thiểu tối đa các loại chi phí, đồng thời tăng khả năng thành công của việc triển khai. 
Tìm hiểu ngay: Phần mềm quản lý ERP hỗ trợ doanh nghiệp nhanh chóng chuyển đổi số

Đối với các công ty nhỏ, những vấn đề thường gặp nhất đó là hạn chế về nguồn lực và trình độ nhân lực. Chính vì vậy, nhà quản trị có thể tham khảo một số phương pháp mà chúng tôi chia sẻ sau đây:
Nghiên cứu về nhu cầu công ty và các phân hệ trong phần mềm sẽ giúp doanh nghiệp giảm được một khoản chi phí đáng kể. Các phân hệ không cần thiết sẽ được loại bỏ và chỉ tập trung vào các phân hệ chính. Ngoài ra doanh nghiệp cũng cần tìm hiểu về các chính sách phía nhà cung cấp để nhận được các ưu đãi tốt nhất.
Đào tạo trình độ nhân viên là một trong những yếu tố đánh giá mức độ hiệu quả của triển khai phần mềm. Bên cạnh đó, nhà quản trị cần giúp cho nhân viên hiểu được tầm quan trọng và ảnh hưởng của phần mềm quản lý công ty nhỏ để tránh gây ra lãng phí và không đạt hiệu quả triển khai.