Trong khi thực tế, bảo trì và nâng cấp hệ thống là hai khoản mục cần tách bạch rõ:

Sau khi hệ thống ERP đi vào nghiệm thu bắt đầu đưa vào thời gian sử dụng chính thức. Đơn vị cung cấp phần mềm thường cung cấp thêm thời gian bảo hành cho hệ thống free (có thể từ 12-24 tháng tùy vào mỗi đơn vị). Sau thời gian bảo hành miễn phí thì việc hỗ trợ của đơn vị cung cấp cho phần mềm sẽ dừng lại. Và để đảm bảo hệ thống luôn được khắc phục khi xuất hiện lỗi thì việc ký hợp đồng bảo trì phần mềm với đơn vị cung cấp là điều cần thiết.
Chi phí bảo trì phần mềm ERP dành cho việc sửa lỗi phát sinh của phần mềm, khắc phục các lỗi của hệ thống kể cả các lỗi phát sinh do nguyên nhân khách quan hay chủ quan. 
 Đối với Doanh nghiệp mua Phần mềm ERP của nước ngoài, nhưng do một đơn vị thứ ba triển khai, phần chi phí bảo trì cũng tách làm hai: phần bảo trì cho sản phẩm (thường gắn vào giá bản quyền phần mềm và quy định trước, ví dụ: Với Oracle, 15% phí là của bản quyền phần mềm, bao gồm cả cơ sở dữ liệu) và phần bảo trì dịch vụ triển khai (bao gồm phần sản phẩm đã được thiết lập theo các quy trình dành cho doanh nghiệp). Tất nhiên, lỗi phát sinh thuộc “nhà” nào (nhà cung cấp sản phẩm hay nhà triển khai) thì bên đó sẽ khắc phục.
Tùy chính sách của nhà cung cấp mà việc sửa lỗi có tính phí hay không. Một số phần mềm lớn của nước ngoài thường tính phí sửa lỗi, trừ một số lỗi nghiêm trọng mà hãng đưa ra chính sách cập nhật bản sửa lỗi miễn phí.

Chi phí nâng cấp sẽ gắn với các yêu cầu phát sinh của doanh nghiệp, thay đổi mô hình hoặc quy trình cũng sẽ dẫn đến các yếu tố cần thay đổi hệ thống hoặc nhu cầu nâng cấp phiên bản mới để theo kịp với xu thế công nghệ hay sự biến động của thị trường.
Tương tự như bảo trì, việc nâng cấp tách làm hai phần: phần nâng cấp phần mềm (thêm chức năng, tiện ích, nâng phiên bản…) và phần phát sinh trong triển khai (thay đổi về chức năng, quy trình sử dụng, thêm tiêu chí lọc, báo cáo mới…). Phần nâng cấp bao gồm cả triển khai thêm cho các phòng ban, đơn vị mới hoặc thêm quy trình tác nghiệp mới. Vấn đề này thường phát sinh khi hãng phần mềm ERP và đơn vị triển khai là 2 đơn vị độc lập. Như vậy, khi doanh nghiệp đưa yêu cầu mới thì cần phân biệt nó thuộc đối tượng nào xử lý. Ví dụ, doanh nghiệp thấy phần mềm  ERP của mình thiếu 3 báo cáo. Nếu các báo cáo đó thuộc nhóm báo cáo chuẩn của phần mềm ERP mà phiên bản sau đã có, còn thời điểm doanh nghiệp triển khai thì chưa có, doanh nghiệp sẽ yêu cầu hãng phần mềm cung cấp thêm. Trong trường hợp các báo cáo là yêu cầu thêm của doanh nghiệp vì mục đích quản lý (dạng báo cáo customize), doanh nghiệp sẽ yêu cầu hãng triển khai bổ sung 3 báo cáo mới cho riêng mình. Tuy nhiên, trên thực tế, các hãng triển khai đều “bao thầu” luôn phần nâng cấp của hãng. Tùy vào phạm vi hợp đồng nâng cấp mà doanh nghiệp sẽ đưa ra yêu cầu phát sinh (ví dụ: sửa màn hình, thêm các báo cáo… thậm chí sửa quy trình tác nghiệp).

Có hai hình thức hỗ trợ: Tại chỗ và từ xa. Phần lớn đơn vị hỗ trợ đều cung cấp dịch vụ hỗ trợ từ xa qua website, điện thoại/fax… Trên thế giới, hình thức hỗ trợ từ xa khá phổ biến. Trong trường hợp không thể khắc phục lỗi được qua hình thức hỗ trợ từ xa, đơn vị hỗ trợ bắt buộc sẽ phải hỗ trợ tại chỗ. Khi đó, doanh nghiệp có thể nên đàm phán mức giá cho các khoản phát sinh đi kèm như chi phí ăn, ở, đi lại…